वाराणसी जं. (कैंट) रेलवे स्टेशन पर यार्ड री मॉडलिंग से अयोध्या, सुल्तानपुर और लखनऊ रेलवे स्टेशनों से यात्रा करने वालों को असुविधा का सामना करना पड़ सकता है. यार्ड री मॉडलिंग के चलते इंदौर पटना एक्सप्रेस, पटना इंदौर एक्सप्रेस, पटना- कोटा एक्सप्रेस, कोटा पटना एक्सप्रेस आदि आठ ट्रेनें लखनऊ- सुल्तानपुर अयोध्या आदि स्टेशन से नही गुजरेंगी. यह ट्रेनें जफराबाद – मिर्जापुर , प्रयागराज- कानपुर के रास्ते अपने गंतव्य को जाएंगी. नई दिल्ली – डिब्रूगढ़ राजधानी बाराबंकी गोरखपुर छपरा के रास्ते जाएगी.